Некоторые игры, которые доступны сейчас в Windows Store имеют некоторые ограничения, которые сложно объяснить. Например, таких ограничений с той же самой игрой не имеется в Steam, Origin или GOG.com. С выходом Rise of the Tomb Raider для персональных компьютеров было выявлено не мало ограничений с файлами и настройками самой игры.

Некоторые игры, которые были скачаны и установлены из данного цифрового магазина имеют заблокированные исполняемые файлы. Что послужило причиной, которая не даёт производить какие либо модификации или добавлять игру в библиотеку Steam, что бы использовать собственные настройки для имеющегося Steam Controller. И если нельзя прикрутить собственное управление к игре, то это уже существенная проблема.

Наблюдались проблемы с играми, которые постоянно имели активную функцию V-Sync или не поддерживали SLI. Но по заверениям главы подразделения Xbox — Фила Спенсера, это положение дел может очень скоро измениться и игры в Windows Store станут намного лучше. Однако он не уточнил в чём будет состоять это улучшение или примерные сроки изменений. Но мы склонны полагать, что это может произойти уже с выходом Quantum Break, релиз которой произойдёт в Windows Store для PC.